طبق تبصره الحاقی مصوب 1387 مجلس شورای اسلامی ساخت و ساز بدون مجوز یا خارج از مجوز سازمان بنادر و دریانوردی در دریاها و رودخانه‌های قابل کشتیرانی ممنوع است. سازمان درصورت اطلاع، از طریق پاسگان (گارد) بندر و یا سایر ضابطین دادگستری از ادامه عملیات ساخت و ساز و یا بهره‌برداری از تأسیسات و تجهیزات فاقد مجوز و یا خارج از مجوز جلوگیری کرده و بلافاصله موضوع را به عنوان شاکی به مرجع قضائی محل اعلام می‌نماید. مرجع قضائی مکلف است به پرونده خارج از نوبت رسیدگی ‌کرده و در صورت احراز تخلف حسب‌ مورد حکم قلع بنا و یا توقف عملیات و یا اصلاح آن مطابق مجوز را صادر نماید.

در این راستا متقاضیان سرمایه گذاری و احداث هر گونه تاسیسات و سازه های دریایی (دولتی ، نظامی یا بخش خصوصی) می بایست نسبت به اخذ مجوز از سازمان بنادر و دریانوردی اقدام نمایند. این مجوزها شامل موافقت اولیه ، مجوز ساخت و مجوز بهره برداری می شود که جهت طی روال اخذ مجوز مربوطه ، متقاضیان می بایست به سامانه جامع مدیریت و نظارت بر سواحل کشور به آدرسSm.pmo.ir  مراجعه نمایند و اسناد و مدارک مربوطه را در سامانه بارگذاری نمایند تا پس از تکمیل مدارک ، جلسه کمیته صدور مجوز در سازمان برگزار و در صورت تایید نهایی مجوز صادر گردد.

در این راستا تاسیسات دریایی که موفق به اخذ مجوز مربوطه از کمیته صدور مجوز سازمان شده اند به ترتیب زمانی به شرح ذیل می باشند.:

- مجوز ساخت طرح پرورش ماهی در قفس آقای محمد رضا باسروی در جلسه مورخ7/8/97

- مجوز ساخت طرح پرورش ماهی در قفس آقای امیر حسین میگلی نژاد در جلسه مورخ1/8/97

- مجوز ساخت طرح پرورش ماهی در قفس آقای علی مشدانی در جلسه مورخ1/8/97

مجوز ساخت طرح پرورش ماهی در قفس شرکت تعاونی خورشید تابان در جلسه مورخ1/8/97 

- مجوز ساخت طرح پرورش ماهی در قفس شرکت مروارید مرجانی زیبای دلوار در جلسه مورخ 3/6/97 

- تمدید مجوز ساخت بندر صیادی جفره سازمان شیلات ایران در جلسه مورخ 20/5/97 

 - تمدید مجوز ساخت نصب خطوط لوله آبریز و آبگیر از دریا و احداث اسکله صادرات گاز طرح NGL  در جلسه مورخ 20/5/97 

 - مجوز بهره برداری شرکت شیمیایی متانول کاوه در جلسه مورخ 11/4/97 

 - تمدید مجوز بهره برداری بشرکت آسیای آرام در جلسه مورخ 11/4/97